Villan är ritad i nyrenässansstil och innehöll ursprungligen 20 rum, kök och stall. Huset består av en källarvåning, två bostadsvåningar och en vindsvåning. En storslagen marmortrappa leder upp genom vestibulens två våningar och både nedre och övre vestibulen är utsmyckade med marmorstuckatur.

Fasaden är rik på exklusiva utsmyckningar och ornament. Nedre våningens fasad består av dekorerad puts i kombination med blankt skiffer. Övre våningen kontrasterar med enkla, släta tegelytor. Kolonnerna som bär upp burspråken är skulpterade som grekiska prästinnor.

Testamenteras till Göteborgs Stad

När Carl Wijk dog övertogs villan av den äldste sonen Carl Olof Wijk som sedan sålde den till grosshandlare Gustaf Werner 1915. Werner testamenterade, vid sin död 1948, byggnaden samt all inredning till Göteborgs Stad på villkor att hans systrar fick bo kvar livet ut. Gustaf Werner gjorde knappt några förändringar i huset men kom genom åren att samla på sig ett stort antal svenska konstverk. Med huset följde tavlor av bland annat Gustaf Cederström, Bruno Liljefors och Anders Zorn. Dessa konstverk är nu överflyttade till Göteborgs konstmuseum. Genom åren har villan även fått besök av ett antal prominenta gäster. Kung Oscar II, prins Éugen, prins Carl och prinsessan Ingrid har alla varit här.

Det bäst bevarade 1880-talshuset

Efter att Gustaf Werners systrar gick bort 1956 respektive 1957 genomfördes en omfattande renovering. Det var främst första våningen som renoverades och byggdes om till kontorslokaler. Andra våningen renoverades också, men det gällde främst kök-och tjänstebostadsdelen. Våningens offentliga rum såsom trapphallen, matsalen, salongen och förmaket är näst intill intakta, vilket gör Wernerska Villan till stadens bäst bevarade 1880-talshus. Dessa rum används nu främst till representation för Göteborgs Stad.

Wernerska Villan byggnadsminnesförklarades 1968 och sedan 1991 ägs det och förvaltas av Higab.